La colonización española en el norte de México, fue una suerte de lucha constante con las tribus indígenas asentadas en la región norte de Durango. A principios del siglo XVII, la ribera del río Florido fue utilizada como zona fronteriza entre los indios tepehuanes y tarahumaras que eran tribus enemigas. La región había sido una tierra sin dueño. La tradicional discordia los llevó a rivalizar hasta entorpecer la sedentarización de la vida comunitaria que pretendían los misioneros españoles al llegar al norte de Durango.

La Rebelión Tepehuana de 1616, fue una de las insurrecciones más cruentas en su afán de desterrar a los españoles del noroeste de la Nueva España. Los misioneros y conquistadores españoles que llegaron a la región aprovecharon el gran número de indígenas, que a la postre servirían para el establecimiento de haciendas y estancias agrícolas. En el caso del pueblo de San Miguel de las Bocas, hoy Villa Ocampo, Dgo., se fundó como misión jesuita con 400 tarahumaras del pueblo serrano de Humariza y San Felipe del hoy estado de Chihuahua. San Miguel de las Bocas fue fundado en el año de 1607 por el misionero jesuitas Juan de Heredia y el capitán Juan de Barraza, bautizando el sitio como “San Miguel de las Bocas”. El nombre de "San Miguel" lo adoptan por su devoción jesuita y "las Bocas" por la desembocadura del arroyo del barro con el río Florido, por su parte, los nativos le llamaban “Bocas del río Florido”. En 1618 los indios Tepehuanos llegaron a San Miguel de las Bocas, escapando del ejército español, después del asesinato en 1616 de los misioneros jesuitas encargados de la evangelización.

El cronista Andres Peres de Ribas describió en parte la personalidad del notable cabecilla Tepehuán, además de su última actuación al frente de las huestes indígenas al tenor siguiente: “El principal que la mantuvo al tiempo de rebelión de los Tepehuanes, fue un Cacique llamado el “Gran Cuautlatas” entre los suyos. El más perverso indio que había en ella y de quien se dice que dio la muerte con sus manos al padre Juan Fonte…Y finalmente el Indio murió tan desengañado, que remató su vida, predicando a los suyos la paz, encargándoles que viniesen bien y conforme a la ley de Dios, que habían recibido. Con este indio acabe Dios de castigar y quitar de la tierra todas las cabezas de la rebelión y apostasía conque pretendían destruirla”.

El cronista Gerard Decorme, refirió que en 1621 en Bocas de los Tarahumaras hoy Villa Ocampo, habían matado a Cuatlatas, el último principal de los tepehuanes que fomentó la rebelión tepehuana. Por tradición oral se conoce entre los avecindados del viejo poblado de San Miguel de la Bocas, que el lugar fue el asentamiento de los grandes dioses de los indígenas tepehuanes y tarahumaras, por ello la disputa histórica entre estos grupos étnicos.

Los enfrentamientos entre indígenas y españoles se prolongaron en la región de las Bocas, y para diciembre de 1627, el gobernador de la Nueva Vizcaya, organizó una junta para tratar asuntos de Guerra, acordándose en ella un presupuesto de diez mil pesos para solucionar el conflicto de los indios rebeldes de San Miguel de las Bocas, el Zape y Potrero. Para el año de 1645 en San Miguel de las Bocas se vivía en un continuo sobresalto, especialmente en las lunas crecientes toda vez que eran aprovechadas para reunirse los indios rebeldes. Según Francisco Javier Alegre, las tribus confederadas en el norte de la Nueva Vizcaya, se agruparon para determinar la estrategia de pelea durante las hostilidades, siendo uno de los objetivos atacar algunos pueblos para conseguir alimentos, y uno de ellos era San Miguel de las Bocas, ya que era un poblado que formaba parte de un valle poblado fecundo en grano y abundante en ganado. Los indígenas alzados resolvieron atacar particularmente el pueblo de San Miguel de Bocas, donde esperaban obtener un cuantioso botín.